本書邀集國內大學授課教師，配合環境學科同學之需求編撰而成，文字力求淺顯易懂，讓學生瞭解微生物學在環境工程上的應用。內容著重於基礎、科學性，範圍廣泛，並涉及環境實務。
本書包含第1~5章微生物的培養、鑑定、生理、遺傳控制等基礎觀念介紹，進而瞭解各類微生物在環境上之功用及利用情形；第6~9章說明微生物在自然環境水體、空氣土壤的存在與影響；第10~12章介紹環境微生物在水汙染、廢棄物、環境汙染的處理及檢測功能；最後亦針對微生物安全管理加以解說，使全書章節架構完整。
各章節前呈現「學習目標」使學習學生掌握該章的重點；章節內容配合「精美圖片、表格或流程圖」加強讀者理解，增進學習動機及效率；另外，內文中的重要字彙與專有名詞以中英文共同呈現，並使用特別標示增加讀者印象，一目了然。
每章末皆附有「課後練習」部分可讓讀者自我測驗，增進學習成效。
第一章 緒論／許美芳
第一節 微生物學發展史1-4
第二節 微生物的定義與種類1-9
第三節 微生物的分類與命名法則1-12
第四節 微生物在生態與環境上的角色1-18
第二章 微生物的觀察與鑑定／王俊欽
第一節 顯微鏡構造及使用2-4
第二節 微生物染色2-26
第三節 微生物鑑定2-34
第三章 微生物的種類／方鴻源、許美芳
第一節 細菌3-5
第二節 放射線菌3-36
第三節 藍綠藻3-42
第四節 病毒3-45
第五節 藻類3-50
第六節 真菌3-54
第七節 原生動物3-59
第八節 後生動物3-80
第四章 微生物的代謝與變異／陳文欽
第一節 微生物的酵素（酶）4-5
第二節 微生物的營養4-19
第三節 微生物的代謝及合成4-28
第四節 微生物的生長4-40
第五節 微生物的遺傳與變異4-56
第五章 微生物的控制／許美芳
第一節 微生物控制效率的影響因子5-4
第二節 微生物控制生長作用的機制5-5
第三節 物理方法5-7
第四節 化學方法5-13
第六章 水體與微生物／袁又罡
第一節 水環境6-5
第二節 水體微生物的生態環境6-22
第三節 自淨作用6-31
第七章 空氣與微生物／袁又罡
第一節 空氣的生態條件7-5
第二節 空氣微生物的特性7-9
第三節 空氣微生物的衛生標準及生物潔淨技術7-20
第四節 空氣微生物的檢驗7-22
第八章 土壤與微生物／袁又罡
第一節 土壤的生態條件與環境8-6
第二節 土壤微生物的特性8-23
第九章 給水微生物／許昺慕
第一節 水中致病性微生物9-6
第二節 指標微生物9-23
第三節 給水廠的微生物控制9-29
第四節 配水系統的微生物控制9-34
第五節 生物可利用有機碳與微生物9-35
第六節 飲用水中致病微生物的監測與管理9-36
第十章 廢（污）水處理與微生物／方鴻源、陳文欽、陳錫添
第一節 生物處理簡介10-4
第二節 活性污泥法10-16
第三節 旋轉生物圓盤法10-30
第四節 滴濾池10-36
第五節 生物接觸曝氣法10-39
第六節 生物營養鹽去除程序10-42
第七節 厭氧消化10-55
第十一章 廢棄物與微生物／方鴻源
第一節 掩理處理11-4
第二節 堆肥處理11-9
第十二章 生物檢測於環境品質監測之應用／陳文欽
第一節 生物毒性檢驗12-5
第二節 酵素免疫檢驗分析12-10
第三節 生物感測器12-11
第十三章 微生物安全管理／方鴻源、沈淑敏
第一節 生物危害13-3
第二節 生物安全管理13-17
第三節 生物安全資料表13-31
第四節 相關法規資料13-35
第十四章 生物科技在環境工程上的應用／方鴻源
第一節 微生物的固定化技術與廢水處理14-4
第二節 活性污泥細菌的遺傳育種14-7
第三節 菌種的基因轉殖14-10
第四節 生物製劑的製造與應用相關規定14-19
